Asıl ismi Hace Muhammed b. Muhammed Bahaeddin el-Buharî olan Nakşibendiyye tarikatinin kurucusu, 718/1318 senesinde Buhara yakınlarında bulunan Kasr-ı Hindüvan (daha sonra ismi Kasr-ı Arifan olarak değişmiştir.) kasabasında doğdu. Tarikatının mensuplarınca Şah-ı Nakşibend ismiyle bilinir. Bu lakabın hafi zikrin kalpte bıraktığı nakşa bir işaret olduğu kabul edilir.
Bahaeddin üç günlük bebek iken, o sırada köyde bulunan dedesinin müşidi Mevlana Baba Semmasî Hazretleri tarafından manevî evlat olarak kabul edilmiş ve terbiyesi ile Emir Külâl görevlendirilmiştir. Muhtemelen evlilik çağına gelip de (15 yaşındaydı); dedesinin, şeyhinin görüşünü almak için gönderdiği vakte kadar Baba Semmasî (k.s)’yi görmemişti.
Uzun yıllar terbiyesiyle görevli olan Emir Külâl Hazretlerinin yanında kaldı. Henüz kemale ermemesine rağmen halinden mutlu görünmesi üzerine mürşidi onu tekkeye abdest suyu taşımakla görevlendirdi. Bu dönemde gördüğü rüya üzerine yaklaşık bir asır evvel vefat etmiş bulunan Abdulhalik-ı Gücdüvani (k.s)’nin ruhaniyetine intisab ederek üveysî lakabını aldı. Bir gün kabristanda dolaşırken, yakında vefat eden Semmasî’den Gücdüvanî Hazretlerine kadar ulaşan sufileri mana âleminde müşahede etti. Abdulhalik-ı Gücdüvanî (k.s)’den, dinin emir ve yasaklarına uyması, azimetlere sadık kalması, Peygamber Efendimiz (s.a.v) ve ashabının yolundan gitmesi hususunda tavsiyeler aldı. Bu hadise ruhunda büyük değişiklikler yaparak cehrî zikirden hafî zikre yönelmesine sebep oldu.
Bundan sonra Emir Külâl (k.s) Hazretlerine saygısında bir azalma olmamasına rağmen, onun mürid halkasından ayrılarak kendisini hafî zikre vermeye başladı. Bu durum diğer dervişler arasında huzursuzluk çıkarsa da, Emir Külâl Hazretleri bu tutumlarının yanlış olduğunu söyleyerek Hace Bahaeddin’i savundu.
Uzun süre devam eden müridlik devrini bitirdikten sonra doğduğu köye dönerek kendi müridlerini yetiştirmeye başladı. İkinci hac yolculuğunda Herat’a uğradığı sırada Zeyniyye tarikatının kurucusu Zeynüddin el-Hafi’yi ziyaret etti. Daha sonra hükümdar Muizüddin Hüseyin’in davetlisi olarak yine Herat’a gitmiş ve tarikatının esaslarını ve tasavvuf anlayışını hükümdara aktarmıştı.
Döneminin sufileri ve müderrisleri kendisine saygı duymuş, o da devrinin âlimlerine hürmet etmiştir.
3 rebiulevvel 791/1389 tarihinde doğduğu köyde Refik-i Ala’ya kavuştu. Cenazesinde şu beytin okunmasını istemişti:
Büyük müflisleriz köyünde ey şah,
Cemalinden kılarız şey’en lillah .
Kasr-ı Arifan köyü, daha sonra Bahaddin adını almış ve tarikatın yayılmasına paralel olarak Şeyhin mezarının çevresinde bir külliye vücuda gelmiştir. Buharalılar onu “belayı defeden Hace” olarak anmış ve şehrin manevî koruyucusu kabul etmişlerdir. Hace Bahaeddin Nakşibend’in manevî mevcudiyeti, Buhara’nın Orta Asya Müslümanları için bir ilim merkezi olmasında önemli yer tutar.
Şah- Nakşibend hazretlerinin tasavufî görüşlerini hâvi herhangi bir eseri günümüze ulaşmamıştır. Bu yüzden ancak kendisi hakkında telif edilmiş eserlerde nakledilen menkıbelerinden bazı fikirler edinebiliyoruz. Bunların başlıcaları; Fahreddin Ali Sâfî’nin Reşehât’ı, Abdurrahman-ı Câmî’nin Nefehât’ı, Selahaddin-i Bahari’nin Enîsü’t-Talibîn’i ve Hâce Muhammed Pârsâ’nın Risale-i Kudsiyye’sidir.
Hâce Muhammed Pârsâ, damadı Hâce Alaeddin Attar, ve Mevlana Yakub Çerhi önemli halifeleridir. Yakub Çerhi’nin talebesi Ubeydullah Ahrâr, Nakşibendi tarikatının Orta Asya ve tüm İslam alemine yayılmasında önemli rol üstlenmiştir.